5 июня 2008 г.

На стыке генетики и информатики

Кишечная палочка Escherichia coli — излюбленный объект генных инженеров, давно используемый в качестве универсальной биохимической фабрики. Геном различных «пород» (штаммов) E. coli содержит 4,6 миллионов пар нуклеотидов и 4377 генов. В переводе на байты это составит около 1,11 Мб. И заметьте, что палочка не просто хранит 1 Мб информации. А хранит/читает/копирует/изменяет/выполняет заложенную в её геноме информацию. (http://users.rcn.com/jkimball.ma.ultranet/BiologyPages/G/GenomeSizes.html)



Теперь посмотрим, что происходи у человека. Согласно http://en.wikipedia.org/wiki/Chromosome (07.07.2007), у человека приходится 984 гена на хромосому, 128,3 миллиона оснований на хромосому, 132,4 тысяч оснований на ген. Прочитан геном на 92,70%.



Так как оснований в ДНК всего 4 (А, Г, Т, Ц). То одно основание несет 2 бита информации (2^2=4). А весь геном порядка 769957500 байт (3079830000x2/8). Что приблизительно равно 734,3 Мб информации. И это в каждой клетке организма в двух копиях (2n). Генеративные клетки (например, сперматозоид) несут только по одной копии генома (1n). И все равно 734,3 Мб информации на сперматозоид – тоже много.



Здесь не учтен объем генетической информации митохондрий, теломер, центромер, гетерохроматиновых участков хромосом. Так что общий объём информации в каждой клетке человека порядка 2 Гб.


Неизвестно, как ещё сюда добавить негеномную ненаследуемую информацию человека – его память.



Если принять средний вес клетки за 5x10^-12 кг, то информации на 1 кг веса человека придется не менее: 370 ЭБ (400000000000 ГБ). Подсчет очень не точен, потому что числа астрономические, отсюда и астрономическая погрешность. Но все равно компьютерным носителям ещё очень далеко до таких масштабов миниатюризации. Куда там жестким дискам весом 800 г и объемом в 500 ГБ (1:640 000 000 к человеческой ткани) или microSD флэш-карточкам весом 0,3 г и объемом в 4 ГБ (1:30 000 000).



Google дает пользователям по 6 ГБ места. Если каждый землянин (6,6x10^9) воспользуется этим местом, то всего получится не более 37 ЭБ (1:10 кг человеческой ткани, 1:700 человека).



Думаю теперь ясен вывод, к которому я веду. Нынешние компьютерные, космические технологии лишь бледная тень живой природы.



P.S. Правда, забыл упомянуть, что смысловых (транскрибируемых) участков в ДНК человека всего около 2%. Так что образ генотипа человека занимает не 1 Гб, а порядка 50 Мб. :)

P.P.S. Геном человека и шимпанзе (наиболее человекоподобной обезьяны) совпадает на 98,8%. Глядя на такой высокий уровень подобия можно только отметить, что мы произошли не от обезьян в общем или шимпанзе в частности, а от общего предка.

Terragen

Узнал о существование замечательно софтины. Она называется Terragen и является 3D дизайнером ландшафтов. Для её установки не потребуется ничего покупать, так как есть бесплатная версия (freeware). Имеет простой интерфейс и возможность подключения бесконечного числа сторонних модулей. Для запуска требуется минимум условий от железа компьютера. Машины типа Pentium166/32/1 будет вполне достаточно. Правда, для быстрого окончательного рендеринга сцены желателен комьютер с 128 МБ ОЗУ или более. Иначе, этот процесс может затянуться на несколько часов.



Вот что получилось у меня после нескольких попыток (все картинки имеют размеры 800x600).



 



OS

Общими словами, операционная система (операционка, ось, ОС, OS) — это первый и основной набор программ, загружающийся в компьютер. Она выполняет управление аппаратными средствами компьютера, организует работу с файлами и выполнение прикладных программ, осуществляет ввод и вывод данных, представляет интерфейс.


Попробуем хотя бы несколько прояснить ситуацию с операционками. Если говорить простым языком, операционная система - это программа-посредник между вами и компьютером. Без нее даже самая мощная и крутая машина становится грудой бесполезного железа. Кто будет объяснять винчестеру, причем только на ему понятном языке, что нужно извлечь файл с именем таким-то, а затем договариваться с видеокартой, что бы она его показала, и не как попало, а именно так, как нужно? Вот этими, и многими другими делами занимается операционная система. От того, насколько исправно и быстро она функционирует, зависит удобство вашей работы или развлечения. Так что операционную систему можно без преувеличения назвать главной программой. Различные приложения, будь то текстовые и графические редакторы, плееры, игры и все остальное, должны быть написаны специально под определенную систему. Программа для Windows не будет работать под Linux и наоборот. Вернее, это можно сделать, но только с помощью специальных эмуляторов. Например, для запуска Windows приложений под Linux требуется эмулятор Wine, для запуска приложений TR-DOS под Windows требуется эмулятор EmuZWin или ZX32 и так далее.


К тому же все операционные системы – платформозависимые, это означает, что операционные системы пишутся под определенные архитектуры компьютеров. Самая распротраненная платформа – PC, на ней работает Windows 98, SuSE Linux, FreeBSD, MSDOS, но откажется работать Windows CE, Symbian OS, MacOS X. Так как в нашей стране наиболее широко распространена платформа РС, то рассматривать будем только те системы, которые на ней работают.


Сегодня наиболее известными операционными системами являются ОС семейства Microsoft Windows и UNIX. Наибольшее распространение сейчас получили операционные системы фирмы Microsoft (www.microsoft.ru). Эта фирма славится своими коммерческими операционными системами, продаваемыми по всему свету.



Эра MS-DOS


Первой операционкой, выпускаемой Microsoft, была MS-DOS (Microsoft Disk Operationg System).




Системные требования у операционных систем MS-DOS очень низкие. Первая версия MS-DOS 1.24 была выпущена в июне 1982 года. Последняя версия MS-DOS 7.10 – в августе 1996. Эти операционные системы отличают низкие требования к железу компьютера. Так последней версии MS-DOS вполне достаточно 1 МБ ОЗУ, 12 MHz процессора, 300 КБ места на дискете или жестком диске. Операционная система поддерживает файловые системы FAT12, FAT16, FAT32.


Под эту платформу в своё время было написано много программ, игр. Поэтому до сих пор используют эмуляторы MS-DOS. В Linux – это DosBox, DosEmu, в Windows для запуска эмулятора достаточно нажать “ПУСК –> Выполнить…” и выполнить команду “command”.



Эра 16-битных Windows


Но шло время и 20 ноября 1985 году миру была представлена Windows 1.0




Эта ОСь больше являлась скорее оболочкой, упрощающей интерфейс, чем операционной системой, потому что она ставилась поверх MS-DOS, с ведома пользователя или без его ведома. И поэтому компьютером по-прежнему управляла одна из версий MS-DOS.


Победное шествие Windows по миру началось с этой версии Windows, пользователи были поражены возможностью запуска одновременно нескольких приложений, оконным интерфейсом, 16 цветов графики. Но этому сопровождалось и повышение требований к компьютеру, 1 МБ ОЗУ было уже не совсем достаточно.


2 декабря 1987 года вышла уже версия 2.0.



Система стала требовать около 1,5 МБ жесткого диска, и появилась несколько изменений. Основным было то, что окна (Windows и переводится как “окна”, так как окно является краеугольным камнем интерфейса) получили возможность перекрываться, то есть одно окно могло находиться под другим!


Но революция произошла 16 апреля 1992 года, когда была выпущена Windows 3.1. Это была первая операционная система, установленная на более, чем 50% компьютеров в мире!




Хотя это и была по прежнему оболочка, унаследовавшая от DOS 16-разрядность. Но появились Диспетчер программ, Диспетчер печати, это была первая ось от Microsoft, переведенная на русский язык. Можно было установить купленные отдельно красивые и очень удобные WinWord 6.0a, Excel 5.0, Explorer 2.0.


Но система стала требовать большего и от компьютера. Но Microsoft не остановился на этом, система была улучшена, и 8 ноября 1983 года была выпущена Windows 3.11 For Workgroups с поддержкой протоколов локальных сетей, Интернета, плюс появились заставки-скринсейверы, мультимедиа-проигрыватель. Производители по всему миру выпускали софт для Windows 3.11 – это были игры, Corel 5 и многое другое.



Эра Windows 9x


Заработав денег на продаже Windows 3.11, Microsoft выпустила 24 августа 1995 года свою первую графическую операционную систему, а не оболочку, при этом 32-разрядную. Это была Windows 95 (кодовое имя при разработке Chicago).




В систему была встроена поддержка длинных имен файлов, Plug-n-Play поддержка многочисленного железа, первая более-менее нормально работающая многозадачность, хранение настроек программ в реестре, встроенный Internet Explorer, DirectX, поддержка разрешений монитора выше 640x480, цветности выше 16 цветов.


С многочисленными улучшениями пришли и повышенные требования и к железу. Но сказать, что DOS совсем прекратила свое существование, нельзя. Многое в Windows 95 работает, используя те же самые механизмы. Стабильность работы и защищенность оставляют желать лучшего. Рекомендуется периодически переустанавливать операционку, особенно если часто инсталлировать разного рода программы. И пользоваться лучше релизом OSR2 (август 1996), который считается более устойчивым. В нынешнее время Windows 95 считается устаревшей, хотя для машин класса Пентиум-100, которые еще живут в домах и даже организациях, это наиболее подходящая операционная система.


Успешно продававшаяся система Windows 95 всё время улучшалась, пока не была выпущена 25 июня 1998 года последовательница – Windows 98 (кодовое имя Memphis).




Ядро и основные механизмы остались прежними. Появилась поддержка новых на тот день интерфейсов и протоколов, пополнилась коллекция драйверов. Обновленный Internet Explorer стал довольно простым и в тоже время функциональным, что сделало его лидером на рынке браузеров. На сегодня эта операционная система хоть и является морально устаревшей, но еще широко распространена. Отчасти в этом повинны небольшие системные требования и простота, а так же консервативные взгляды некоторых пользователей: зачем я буду что-то менять, если и так все работает?


Закончилась эра Windows9x (Windows 95, Windows 98, Windows Me) выпуском Windows Me 14 сентября 2000 года. Ме - сокращенно от Millenium. Вновь выпущенную операционную систему обозвали модным словом. Что же скрыто под красивым названием? По сути дела мы имеем очередное обновление системы на ядре Windows 95-98. Много косметических изменений, обновлен и расширен набор драйверов. Из полезностей появилась система восстановления операционки, которая периодически запоминает состояния регистра и дает возможность возврата. Этим разработчики попытались скомпенсировать общую неустойчивость ядра Windows 95-98-Ме. Вместе с тем они стали потихоньку избавляться от тормозящего наследия DOS. Но при минимальных отличиях от Windows 98 очень выросли минимальные системные требования.



Эра Windows NT


Параллельно с развитием Windows 9x, шло развитие Windows NT (NT – New Technology). Основанные на новом ядре, системы NT более стабильные. Хотя и интерфейс NT систем схож с интерфейсом Windows 98, но на более мощных компьютерах (процессор >500 MHz, ОЗУ > 64 МБ) они показывают лучшие результаты по производительности.


История Windows NT началась с версии 3.51, выпущенной 27 июля 1993 года. Система была на интерфейсе Windows 3.11 и не получила широкого распространения, как её последователи.


24 августа 1996 года вышла Windows NT 4.0 на интерфейсе Windows 95, и с требованиями к железу как у Windows 98. Появилась поддержка файловой системы NTFS, которую унаследуют все последующие Windows NT. Эта система является до сих пор современной, если на неё конечно же установлены все сервиспаки (заплатки, выпущенные после выхода оси в продажу, с целью закрытия новых брешей, и поддержки вновь появляющихся устройств) вплоть до ServicePack 6a выпущенного в 2000 году. Благодаря своей надежности и относительно низким системным требованиям Windows NT 4 стала очень популярной. Ее использовали даже там, где хватило бы возможностей Windows 95.


С началом нового века Microsoft решила соединить два направления выпускаемых операционных систем. Windows 2000 (часто ее обозначают 2k, кодовое имя Cairo), вышедшая 17 февраля 2000 года, должна объединить в себе надежность и устойчивость Windows NT с простотой и удобством Windows 95-98-Ме. Фактически получилась NT 5 с небольшими упрощениями. Структура управления мало чем отличается от Windows NT 4. Система действительно работает гораздо стабильнее, чем Windows 95-98-Ме, однако конфигурировать ее сложнее. Можно этого и не делать, если установки по умолчанию вас удовлетворяют и отсутствует желание копаться в дебрях консоли управления компьютером (compmgmt.msc) и реестре. Последним обновлением на сегодняшний день является SevicePack 4 от 25 июня 2003 года.


Операционка теперь понимает файловые системы FAT32 и NTFS. При инсталляции пользователь должен выбрать нужную. Считается, что для дома предпочтительнее FAT32. Особенно если установить в качестве второй системы Windows 98-Ме. В этом случае обе операционки будут видеть все разделы на жестком диске.


Система была выпущена в нескольких вариантах. Всего их четыре, Windows 2000 Professional, Windows 2000 Server, Windows 2000 Advanced Server и Windows 2000 DataCenter Server. Отличаются они друг от друга, во-первых, количеством служб и программ входящих в поставку, во-вторых, степенью поддержки аппаратного обеспечения. Например, W2k Pro не держит больше 2 процессоров в материнской плате, W2k Server держит уже 4 процессора, W2k AdvServer - 8 процессоров, а W2k DataCenter - 64. Кроме этого, они сильно различаются по цене. Для домашних пользователей, наиболее интересна W2k Pro, так как функции которые встроены в Server-а всех сортов, и, тем более в DataCenter не имеют почти никакого применения дома и будут только нещадно пожирать ресурсы.


Прошло совсем немного времени с момента появления Windows 2k, а Microsoft уже 24 сентября 2001 года склепала новую операционную систему, обозвав ее сочетанием ХР, что значит eXPerience - опыт. Если разобраться, то по своей сути и внутренностям она мало чем отличается от предшественницы.




Главные изменения претерпел интерфейс. Наконец-то разработчики поняли, что многим надоели серые окошки, и хочется чего-нибудь покрасивее. Пожалуйста, любуйтесь: прекрасно нарисованные яркие пиктограммы и значки, фоновые картинки в папках, рельефный статус-бар. Несколько открытых документов одного приложения теперь группируются под одной закладкой, что весьма удобно. Функции поиска выполняет симпатичная собачка. Однако за все украшения приходится платить большим расходом аппаратных ресурсов. Но не все так страшно, излишние навороты можно отключить.


Появилась возможность записи компакт-диска без дополнительных программ. Еще возникла служба Remote Assistance, она позволяет удаленно подключаться к компьютеру. Сделано это для тех, кто не может самостоятельно устранить возникшие неполадки. Вот тогда-то они могут обратиться в он-лайн службу Microsoft или к более опытному пользователю, которые, подсоединившись, могут использовать компьютер как локальный. И устранить возникшие сложности.


Улучшено время загрузки, примерно столько же, сколько нужно Windows 98. Это достижение, потому что Windows 2000 грузится гораздо дольше.


Существует три версии системы - Professional, Home и 64-Bit Edition. Как ясно из названий, Professional предназначена для профессионального использования, Home - для дома, а 64-Bit Edition должна устанавливаться на компьютеры с процессором Intel Itanium для узкоспециализированных областей применения. Так что нам интересны только первые две. Различия между ними не слишком велики, в версии Professional присутствуют некоторые функции сетевого администрирования, которые вряд ли понадобятся домашнему пользователю.


В Microsoft серьезно озаботились проблемами стабильности. Кроме уже обкатанной системы восстановления Restore присутствует механизм сертификации устанавливаемых драйверов. Хотя на практике он не слишком помогает. Имеется функция отката драйверов. То есть при установке нового система не удаляет старый, а хранит его на всякий случай. И всегда можно вернуться к предыдущему драйверу.


Хотя Windows XP тоже не идеален – 9 сентября 2002 года вышел первый пакет исправлений, скоро должен выйти второй сервиспак.



Заключение


Стоит также упомянуть другие оси Microsoft-а. Продолжением линейки NT является Windows 2003, похожий на Windows 2000. У него выше требования к аппаратным средствам, и его преимущества можно ощутить только на многопроцессорном сетевом сервере.


Следующей осью выпущенной будет Longhorn (длинный рог), с обновленным интерфейсом, умопомрачительными потребностями к железу, новой файловой системой WinFS. Бета версия уже есть у пиратов.


OS/2, наработки которой вошли в состав Windows NT. Windows CE для карманных компьютеров. Windows Mobile 2003 for PocketPC – для смартфонов. Windows XP Embeded – модульная OC для встраиваемых устройств (холодильников, микроволновок, телевизоров, DVD-плееров и т.д.). Xbox – устанавливаемая на фирменную приставку Xbox.


Таков список операционных систем Windows. Какую из них предпочесть - вопрос непростой и зависящий от многих факторов. В первую очередь это системные требования. Например, устанавливать ХР на старые компьютеры эпохи первого Пентиума будет только бесполезной тратой времени. В этом случае лучше инсталлировать Windows 95 или 98.


Во-вторых, многое определяется набором ваших устройств и софта. Некоторые программы запускаются только на самых последних операционках. Или наоборот, у вас может быть некое древнее устройство, про которое производители сами давно забыли и не выпускают никаких драйверов под новые системы.


И в-третьих, многое решает личное предпочтение. Понравилось - не понравилось. Кому-то до тошноты надоели унылые окошки старых Windows и он с радостью поставит себе красивую ХР. А другому до всех украшательств не будет никакого дела, и ему совсем неохота привыкать к новой операционке.


С программами ситуация следующая: старые приложения теоретически должны работать на новых системах, однако на практике возможны проблемы. Случается, что программа написана только для Windows 9x и категорически не хочет запускаться под ХР. А бывает и наоборот, особенно с большими серьезными пакетами, которые хотят работать только на ядре NT, то есть под Windows 2k или ХР. Так что перед покупкой и установкой некоего софта обязательно посмотрите, а подходит ли он к вашей системе?

С драйверами под устройства еще проще. Они должны быть именно под ту систему, которая у вас установлена. Иначе возможна некорректная работа или вообще отказ. В принципе, драйвера для Windows 95, 98 и Ме родственны, то же самое можно сказать про Windows 2000 и ХР, однако лучше не экспериментировать.


Не следует забывать и о том, что операционные системы Microsoft-а – коммерческие и закрытые. Нелицензионное использование может караться законом, если производитель, то есть Microsoft подаст на Вас в суд, он может выиграть, за исключением некоторых случаев, например, когда Вам было неизвестно, что при покупке Вам была продана пиратская версия.



























































































































 

MS-DOS


Win 3.x


Win 95


Win NT 4.0


Win 98


Win Me


Win 2k


Win XP


Выход в продажу первой версии


06.92


22.05.90


24.08.95


24.10.96


25.06.98


14.09.00


17.02.00


25.10.01


Выход в продажу последней версии


08.96


8.10.93


10.97


2000


25.06.99


-


25.06.03


3.02.03


Последняя версия (заплатка)


7.10


3.11


95C OSR2.5


SP 6a


SP 1


-


SP 4


SP 1a


Внутренняя версия


-


3.11


4.0


4.0


4.10


4.10


5.0


5.1


Кодовое имя


-


-


Chicago


-


Memphis


Neptune


Cairo


Whistler


Ядро


DOS


3.x


9x


NT


9x


9x


NT


NT


Поддержка ОЗУ (min-max) , Mb *


1–512


1–128


4–512


8–512


4–512


32–512


32–4096


32–4096


Потребность ОЗУ (min–normal-optimum), Mb


1–4–4


4–8–16


8–32-64


16–32–64


8–32–64


32–64–64


64–128–256


64–128-512


Физически процессор (min), MHz *


12


33


40


75


40


166


133


200


Практически процессор (min–normal-optimum), MHz


12–12–40


33–60–80


75–166–200


166–300–500


133–300–500


300–500–700


350–550–800


350–700-900


Физически на жестком диске (min–max), Mb


0,2–6


3–20


30–100


120–250


170–340


300–600


400-1200


600-1200




* – обозначает физические пределы за границами которых ось работать не будет.



P.S. Статья устарела. Наибольшую правдоподобность имеют только сведения о событих, предшествовавших выходу WindowsXP.